کوبو سان نمی ذاره من نامرئی باشم

داستان انیمه در مورد جونتا شیرایشی، دانش‌آموز دبیرستانی است که به قدری معمولی و ساکت است که همکلاسی‌ها و معلمانش به او توجه نمی‌کنند، به نظر می‌آید که انگار یک شخصیت مخفی در یک بازی ویدیویی است. اما یکی از همکلاسی هایش، ناگیسا کوبو، همیشه او را می‌بیند و او را تحریک می‌کند تا کارهایی انجام دهد که او را متمایز کند.